2.学校的行政化倾向过强不利于营造健康的校园文化
行政权力凌驾于学术权力之上，使教育行政人员的权力膨胀，一个人只要当上了领导就会在评教授、申课题、分房子等各方面享有优先权，这导致一些教师和教授不再潜心教学和做学问，而是把精力放在奉承领导，争取官位的事情上，结果是使校园文化不再是追求真理和新知，使人们不再专心学习和研究，严重阻碍了创新人才的培养和学校科研水平的提高。
3.学校的行政化倾向过强影响了教师工作的积极性
学校的根本任务是培养高素质的人才，培养高素质人才的关键是要有高素质的教师。因此，我们在发展教育事业的时候要把教师摆在较高地位，将教师视为学校的主体，而把行政人员摆在服务者的地位，充分发挥其服务职能。然而在现实的学校中，行政官员取代教师成为学校的主体，由服务者变成管理者，导致许多教授的收入少于行政人员的收入，这不但会引发学校内部的矛盾，而且还会严重打击教师工作的积极性，不利于学校的发展。
4.学校的行政化倾向过强会制约学术的发展
在教育部评出的第五届国家高等学校教学名师中一共有100位获奖者，其中除了10名教师是没有任何行政职务的一线教育工作者，其余的90位都拥有校长、书记等头衔。学校的行政化倾向使得行政人员可以在各方面取得优势，这会使许多教师认为走行政道路更有前途，从而把更多精力放在谋求行政职务上，甚至放弃学术研究的工作，这对学校学术的发展无疑是一个巨大打击。