遣户部侍郎骆颗赈抚被寇诸郡县，掩骼埋胔，慰集疮痍。罢京营提督太监高忠、成国公朱希忠、遂安伯陈鏸。改十二团营为三大营：曰五军，曰神枢，曰神机。总三营曰戎政府，以咸宁侯仇鸾入理之，为制印章重其任。以王邦瑞协理戎政，为鸾副。邦瑞奏用兵部主事二人，给事中、御史各一人，议论多牾鸾。主事申燧复持法不为屈，疏京营弊政，乞厘革之。鸾怒，密陷燧出补外，乃言京营用给事中、御史不便，皆革之。
置蓟辽总督大臣，以蓟州、保定、辽东三镇隶焉。改孙禬为兵部侍郎，总督蓟辽。未几，以何栋代之。
冬十月，募诸道兵入卫京师，山东、山西、河南诸府岁集京师，练备秋防，秋后复散去，以是为常，如践更卒例。复选各边镇锐卒入卫京师，以京营将分练边兵，从咸宁侯鸾之请也。兵部覆言：“二镇京师之门户。御寇者不于门户，而与之格斗于堂奥之间，鲜不危矣。”帝不听，第免二镇卒不预征。于是各边共选六万八千余人班上京师，与京营兵杂练之。塞上有警，边将不得征集，而京师在边者，不任边责，恣意朘削自营，人人自危矣。